Spike Spiegel, un ex-affiliato del Red Dragon, e il suo socio Jet Black, ex-investigatore dell'ISSP, sono due cacciatori di taglie che si spostano di pianeta in pianeta alla ricerca di criminali a bordo della loro astronave: il Bebop. Nel corso delle loro avventure, senza che lo vogliano, ai due si aggiungono tre nuovi compagni: il welsh corgi pembroke iper-intelligente Ein, la provocante truffatrice perseguitata dai creditori Faye Valentine e l'eccentrica e geniale hacker preadolescente Radical Edward.